- DESCRIPTION DÉTAILLÉE : (données ponctuelles par sites) données : infiltration, couverture végétale, plants species, soil microbiology (taxa abundance, diversity), soil texture, soil structure, porosity, site geometry, occupation des sols - FORMAT : tableau de données - CONTEXTE : Projet europpéen BIORESTORM & thèse de doctorat - BUT : Amelioration de la compréhension des mecanismes biologiques qui influencent la fonction infiltration des solution fondées sur la nature pour la gestion de l'eau pluviale en ville - LIEU : DJANGO et autres noues non suivies par l'OTHU (LYON) - PÉRIODE : été 2025 et 2026

Campagne de collectes de sédiments sur plusieurs bassins d'infiltration de la métropole Mesures des quantité de microplastiques dans les matrices sédimentaires Evaluation en laboratoire de l'impact des micro-plastiques sur un organisme sentinelle aquatique vivant dans les sédiments (le vers tubificidé Tubifex tubifex) 1ère expérimentation : Montage de 40 mésocosmes de 2 litres pour tester 4 concentrations en microplastiques (0, 1000, 10000 et 100000 particules par kg de sédiment sec) et deux conditions biologique (avec ou sans vers tubificidés) Mesures réalisées : Analyse des réserves énergétiques chez les organismes Mesures sur la dynamique des nutriments (NO3, NH4, PO4) et des flux de CO2 émis par les sédiments dans les mésocosmes Mesures des activités microbiennes (hydrolytique FDA et respiratoire INT) Mesures de la bioturbation (dépôt de pelotes fécales à la surface des sédiments) 2ème expérimentation : Montage de 20 colonnes sédimentaires de 1 litres pour tester 2 concentrations en microplastiques (0 et 10000 particules par kg de sédiment sec) et deux conditions biologique (avec ou sans vers tubificidés) Utilisation de luminophores (particules roses fluorescente sous lumière UV) déposés à la surface des sédiments pour quantifier le processus de bioturbation (remaniement des sédiments) dans les différentes colonnes Démontage des colonnes par couches sédimentaires de 0.5 cm pour mesurer la distribution verticale des luminophores en fin d'expérimentation (28 jours). Comptage des luminophores et modélisation du processus de bioturbation par les organismes

données issues de travaux spécifiques réalisés sur le sous-bassin rural du Mercier, dans le cadre de la thèse de B. Sarrazin (2012)

Suivi en continu du poids de six toitures végétalisées ainsi que les débits en sortie de ces toitures. Chaque toiture est indépendante, mesure 9m² (3*3) et permet d'estimer l'évolution de l'évapotranspiration. Les substrats sont modifiables en fonction des besoins.

- Description générale : données d'évaluation de l'infectiosité des communautés microbiennes issues d'eaux de surface du BV Yzeron sur des cellules d'épithéliums pulmonaires (suivi en temps réel de l'index/intégrité cellulaire, données de cytométrie et microscopie). Les eaux de surface ont été analysées en terme de paramètres physicochimiques. Des données sur la qualité microbiologique des eaux de surface ont également été produites par qPCR et dénombrement IDEXX. - format des données: tableaux excel avec onglets donnant accès aux différents jeux de données ( ADN, dénombrement IDEXX, eaux de surface - physico-chimie, suivi en temps réel de l'index/intégrité cellulaire/intégrité cellulaire, données de cytométrie) - contexte: Développement de tests rapides sur épithéliums pulmonaires afin de caractériser le degré d'infectiosité de microorganismes d'eaux de surfaces. Ce test a été développé et appliqué aux eaux de surface BV Yzeron et permet de faire le lien entre le degré de pollution chimique et l'infectiosité des communautés du milieu. Ces données sont la propriété de l'OTHU et de l'équipe BPOE de l'UMR Ecologie Microbienne, et sont sous embargo jusqu'à publication dans une revue scientifique ou pendant une période de 5 ans - lieu: bassin-versant de l'Yzeron (69, France) - période: novembre 2023

- DESCRIPTION DÉTAILLÉE : Données de séquençage du segment V4 de du gène de l’ARNr 16S pour les pelotes fécales de 5 mammifères (homme, chat, chien, mouton, campagnol) - FORMAT : Tableau Excel contenant le descriptif des échantillons, et les tables de contingence. - CONTEXTE : Ces données ont été produites dans le cadre des activités de l'OTHU et s'inscrivent dans les travaux multidisciplinaires de BPOE-LEM. Le but est la création d'une base de données de référence du gène 16S rRNA pour pouvoir par la suite identifier les sources de contamination fécale dans la métropole de Lyon. Cette base de données sera enrichie au fil du temps dès de nouveaux échantillons seront obtenus. Ces données sont la propriété de l'OTHU et de l'équipe BPOE de l'UMR Ecologie Microbienne, et sont sous embargo jusqu'à publication dans une revue scientifique ou pendant une période de 5 ans. - LIEU : Métropole de Lyon, Auvergne - PÉRIODE : 2025-maintenant

Evaluer l’exposition des populations avoisinantes et des opérateurs du bassin à des bioaérosols bactériens. Etude de la formation bioaérosols en amont du bassin, dans le bassin et en aval en fonction de la saison (4 saisons), de la vitesse du vent (fort vent, peu de vent), et des activités anthropiques (brassage des sédiments, sans brassage). Description de la donnée : - méthodes cultivables : concentrations des bactéries totales cultivables, des entérocoques, des coliformes totaux, E. coli, Nocardia genre. - NPP PCR pour les deux pathogènes opportunistes A. caviae et P. aeruginosa. - Extractions d’ADN et PCR : entérocoques, A. caviae, P. aeruginosa, Nocardia genre, N. farcinica, N. cyriacigeorgica - Séquençage massif 16S et tpm

description générale: des jeux de données concernant la qualité microbiologique des eaux de surface (via l'ADN) du bassin-versant de l'Yzeron en hiver 2024 (suite de l'étude de 2023) ont été produits par qPCR via la trousse qPCR OTHU. - format des données: tableaux excel avec onglets donnant accès aux différents jeux de données (ADN, résultats qPCR des eaux de surface) - Contexte : Ces travaux permettent d’étudier les mélanges de bactéries exogènes (incluant des agents pathogènes) et endogènes du cours d’eau pour l'hiver 2024 et de comparer ces données à celles produites en 2023. Ces données sont la propriété de l'OTHU et de l'équipe BPOE de l'UMR Ecologie Microbienne, et sont sous embargo jusqu'à publication dans une revue scientifique ou pendant une période de 5 ans. - BUT : Ces données sont utilisées dans le contexte de projets pluridisciplinaires concernant les sources de contaminants impactant les bassins-versants d'usage mixte sur le secteur de la métropole de Lyon. - lieu: bassin-versant de l'Yzeron (69, France) - période: février 2024

- DESCRIPTION Des données ont été produites via la boîte à outils qPCR de l'OTHU permettant d'étudier l'occurrence et l'origine d'espèces bactériennes indicatrices d'une contamination fécale sur le BV Yzeron. Différents modes d’utilisation des terres ont été répertoriés et 10 sous-bassins homogènes en terme d’activité et d'occupation des sols ont été sélectionnés pour les analyses des sources de contamination. Plusieurs campagnes de récolte d'eaux aux différentes sources ont été réalisées (10/02/22, 15/02/22, 17/05/22, 27/06/22 et 30/06/22) - FORMAT Tableau excel avec onglets indiquant les unités de mesure et points de prélèvement étudiés - CONTEXTE Les données ont été produites par l'équipe UMR LEM - BPOE dans le cadre des projets OTHU concernant l'analyse de la qualité microbiologique des milieux impactés par les pratiques de gestion des eaux pluviales - BUT (A QUOI A-T-ELLE SERVI? QUELLE EXPLOITATION?) Ces données sont utilisées dans le contexte de projets pluridisciplinaires concernant les sources de contaminants impactant les bassins-versants d'usage mixte sur le secteur de la métropole de Lyon. - LIEU Bassin versant emboité Mercier-Ratier. 10 sous-bassins homogènes en terme d’activité et d'occupation des sols ont été sélectionnés. - PÉRIODE Campagnes 10/02/2022 (temps sec), 15/02/2022 (temps de pluie), 17/05/2022, 27/06/2022 et 30/06/2022.

Description détaillée : Des données de quantification bactérienne ont été obtenues pour 4 groupes bactériens (hétérotrophes, entérocoques, E.coli et Pseudomonas aeruginosa) avec la méthode cultivable et normalisée IDEXX, sur sédiments et eaux de ruissellement urbains collectés au site Django-R. La population microbienne multirésistante de plusieurs de ces groupes a également été quantifiée. - FORMAT Tableau excel avec onglets indiquant les données physicochimiques, les quantifications microbiologiques selon les matrices et les points de prélèvement des sédiments étudiés. - CONTEXTE : Les données présentées ont été produites par l’équipe UMR LEM–BPOE dans le cadre des projets de l’OTHU, dédiés à l’analyse de la qualité microbiologique des milieux impactés par les pratiques de gestion des eaux pluviales, en particulier les ruissellements urbains. L’objectif de ces travaux est d’évaluer la contamination microbiologique de ces milieux ainsi que la présence de bactéries tolérantes ou résistantes aux antibiotiques, à partir de matrices solides (sédiments) et liquides (eaux de ruissellement). Ces données sont la propriété de l'OTHU et de l'équipe BPOE de l'UMR Ecologie Microbienne, et sont sous embargo jusqu'à publication dans une revue scientifique ou pendant une période de 5 ans - LIEU : Métropole de Lyon et périphérie - PÉRIODE :entre novembre 2025 et janvier 2026