Mise à jour et interprétation des banques de données métagénomiques issues de séquençage massif afin d'obtenir une image de la communauté microbienne des eaux de ruissellement, de la nappe et/ou des sédiments Analyse qualitative des communautés bactériennes présentes dans le milieu (métataxogénomique) Sites OTHU: Django-Reinhart (Chassieu), sites satellites (Feyzin, Minerve, Raquin) Autre(s): Garibaldi (Lyon)

Vidéos enregistrées en continu et déchargées aux cours de campagnes: - observation des phénomènes au cours des remplissages et vidanges du bassin - estimation de la hauteur d'eau et des vitesses de surface

- DESCRIPTION DÉTAILLÉE : Données physicochimiques sur des sédiments urbains (pH, poids sec, ions, éléments traces métallique, N, P, Hydrocarbure aromatique polycyclique) échantillonnés sur 9 zones de la métropole de Lyon (avec 3 typologies) pendant 3 saisons. Ces données sont associées à d'autres concernant la qualité microbiologique de ces sédiments via qPCR des ADN avec les marqueurs de la trousse OTHU. Ces données sont complétées par des images produites par microscopie électronique à balayage des microorganismes présents. - FORMAT : tableaux excel avec onglets donnant accès aux différents jeux de données (paramètres généraux, pH, Chimie, ADN, quantification qPCR) - CONTEXTE : L'étude des sédiments urbains en terme microbiologique et physicochimiques permets de faire le lien entre chimie et présence de microorganismes, et en particulier de pathogènes. Ces données sont associés à des images de microscopie électronique à balayage pour visualiser la diversité des formes microbiennes et les rendre accessibles au publique. Les données ont été produites par l'équipe UMR LEM - BPOE dans le cadre des projets OTHU concernant l'analyse de la qualité microbiologique des sédiments urbains remobilisés par temps de pluie au niveau de la métropole. Ces données sont la propriété de l'OTHU et de l'équipe BPOE de l'UMR Ecologie Microbienne, et sont sous embargo jusqu'à publication dans une revue scientifique ou pendant une période de 5 ans - LIEU : métropole de Lyon - PÉRIODE : novembre 2023 à juin 2024

Evaluer l’exposition des populations avoisinantes et des opérateurs du bassin à des bioaérosols bactériens. Etude de la formation bioaérosols en amont du bassin, dans le bassin et en aval en fonction de la saison (4 saisons), de la vitesse du vent (fort vent, peu de vent), et des activités anthropiques (brassage des sédiments, sans brassage). Description de la donnée : - méthodes cultivables : concentrations des bactéries totales cultivables, des entérocoques, des coliformes totaux, E. coli, Nocardia genre. - NPP PCR pour les deux pathogènes opportunistes A. caviae et P. aeruginosa. - Extractions d’ADN et PCR : entérocoques, A. caviae, P. aeruginosa, Nocardia genre, N. farcinica, N. cyriacigeorgica - Séquençage massif 16S et tpm

- Description générale : données d'évaluation de l'infectiosité des communautés microbiennes issues d'eaux de surface du BV Yzeron sur des cellules d'épithéliums pulmonaires (suivi en temps réel de l'index/intégrité cellulaire, données de cytométrie et microscopie). Les eaux de surface ont été analysées en terme de paramètres physicochimiques. Des données sur la qualité microbiologique des eaux de surface ont également été produites par qPCR et dénombrement IDEXX. - format des données: tableaux excel avec onglets donnant accès aux différents jeux de données ( ADN, dénombrement IDEXX, eaux de surface - physico-chimie, suivi en temps réel de l'index/intégrité cellulaire/intégrité cellulaire, données de cytométrie) - contexte: Développement de tests rapides sur épithéliums pulmonaires afin de caractériser le degré d'infectiosité de microorganismes d'eaux de surfaces. Ce test a été développé et appliqué aux eaux de surface BV Yzeron et permet de faire le lien entre le degré de pollution chimique et l'infectiosité des communautés du milieu. Ces données sont la propriété de l'OTHU et de l'équipe BPOE de l'UMR Ecologie Microbienne, et sont sous embargo jusqu'à publication dans une revue scientifique ou pendant une période de 5 ans - lieu: bassin-versant de l'Yzeron (69, France) - période: novembre 2023

description générale: des jeux de données concernant la qualité microbiologique des eaux de surface (via l'ADN) du bassin-versant de l'Yzeron en hiver 2024 (suite de l'étude de 2023) ont été produits par qPCR via la trousse qPCR OTHU. - format des données: tableaux excel avec onglets donnant accès aux différents jeux de données (ADN, résultats qPCR des eaux de surface) - Contexte : Ces travaux permettent d’étudier les mélanges de bactéries exogènes (incluant des agents pathogènes) et endogènes du cours d’eau pour l'hiver 2024 et de comparer ces données à celles produites en 2023. Ces données sont la propriété de l'OTHU et de l'équipe BPOE de l'UMR Ecologie Microbienne, et sont sous embargo jusqu'à publication dans une revue scientifique ou pendant une période de 5 ans. - BUT : Ces données sont utilisées dans le contexte de projets pluridisciplinaires concernant les sources de contaminants impactant les bassins-versants d'usage mixte sur le secteur de la métropole de Lyon. - lieu: bassin-versant de l'Yzeron (69, France) - période: février 2024

L'équipe LEHNA-IPE développe depuis de nombreuses années des outils et méthodes infiltrométriques pour la caractérisation hydraulique des sols. Diverses applications ont été réalisées dans le cadre de l’OTHU (Observatoire de Terrain en Hydrologie Urbaine, http://www.graie.org/othu/), dont la caractérisation des sols et matériaux constitutifs des dispositifs infiltrants suivis par cet observatoire (bassins d'infiltration, tranchées, noues, jardins de pluie, etc.). Mais, ces techniques demandent des adaptations des techniques infiltrométriques pour les matrices très perméables constitutrices des techniques alternatives. Dans le cadre de cette étude, des infiltromètres automatisés et interconnectés ont été réalisés (deux séries de 5 infiltromètres automatisés et interconnectés par système d'acquisition) pour un total de 10 infiltromètres et deux bases d’acquisition. Les infiltromètres ont été testés dans trois sites (bassin d’infiltration Django Reinhardt, ENTPE et site de la Doua) dans diverses configurations notamment météorologiques (conditions sèches et conditions humides après un évènement pluvieux). Ces essais ont permis de valider le dispositif et de tester plusieurs protocoles d’extraction et de traitement de la données infiltrométriques.

Données produites depuis 2004 dans le cadre de l'OTHU afin de caractériser les flux d'eau et de polluants à l'entrée d'un bassin d'infiltration. Paramètres hydrauliques: Hauteurs, vitesses, débits (depuis 2004) Paramètres physico-chimiques: Température, pH, conductivité électrique, turbidité (depuis 2004)

données issues de travaux spécifiques réalisés sur le sous-bassin rural du Mercier, dans le cadre de la thèse de B. Sarrazin (2012)

Campagnes d'incubation de supports artificiels (billes d'argiles) pendant 10 jours dans la nappe de l'est lyonnais par temps humide et temps sec dans les piézomètres en amont et en aval de 6 bassins d'infiltration (Django, IUT, Minerve, Grange Blanche, Chemin de Raquin ou Pesselières et Chemin de Feyzin). Nombre de campagnes : 6 Dates : été 2015, été 2016, automne 2017, printemps 2018, automne 2018, automne 2019 Mesures réalisées : Dosage de la biomasse (protéines) et des activités (FDA et INT) des biofilms microbiens. Analyses physico-chimiques de l'eau: nutriments organiques (DOC et BDOC), nutriments inorganiques (NH4, NO2, NO3 et PO4) et Chlorures (Cl-). Extraction d'ADN et analyse de la diversité microbienne par métabarcoding 16S. Analyses fluorimètriques de la matière organique dissoute pour informations qualitatives sur une campagne.