Campagnes de suivi de la microbiologie des sédiments et des eaux de la rivière Chaudanne sur le site de Grézieu-la-Varenne depuis 2013: - Analyses des eaux en amont, aval et au sein du DO ainsi qu'en réseau unitaire - Analyses métagénomiques au niveau des eaux de surface, des sédiments benthiques et eaux hyporhéiques - Suivi des bactéries pathogènes - Microbiologie du modèle P.aeruginosa, du modèle A.caviae, des bactéries hétérotrophes et des bio-indicateurs de contamination fécale - PCR quantitative pour évaluation de marqueurs permettant la quantification de pathogènes au cours de campagnes nycthémérales - PCR quantitative pour évaluation d'un marqueur permettant la quantification de la présence d'intégrons (classe I, II, III et classe I "clinique")

Mise à jour et interprétation des banques de données métagénomiques issues de séquençage massif afin d'obtenir une image de la communauté microbienne des eaux de ruissellement, de la nappe et/ou des sédiments Analyse qualitative des communautés bactériennes présentes dans le milieu (métataxogénomique) Sites OTHU: Django-Reinhart (Chassieu), sites satellites (Feyzin, Minerve, Raquin) Autre(s): Garibaldi (Lyon)

Campagnes d'incubation de supports artificiels (billes d'argiles) pendant 10 jours dans la nappe de l'est lyonnais par temps humide et temps sec dans les piézomètres en amont et en aval de 6 bassins d'infiltration (Django, IUT, Minerve, Grange Blanche, Chemin de Raquin ou Pesselières et Chemin de Feyzin). Nombre de campagnes : 6 Dates : été 2015, été 2016, automne 2017, printemps 2018, automne 2018, automne 2019 Mesures réalisées : Dosage de la biomasse (protéines) et des activités (FDA et INT) des biofilms microbiens. Analyses physico-chimiques de l'eau: nutriments organiques (DOC et BDOC), nutriments inorganiques (NH4, NO2, NO3 et PO4) et Chlorures (Cl-). Extraction d'ADN et analyse de la diversité microbienne par métabarcoding 16S. Analyses fluorimètriques de la matière organique dissoute pour informations qualitatives sur une campagne.

Suivi de la microbiologie au sein des sédiments et/ou des eaux de surface sur les sites de l'OTHU; estimation de la concentration en bactérie: - suivi bactéries hétérotrophes totales, bactéries bio-indicatrices de contamination fécale, Pseudomonas aeruginosa, Aeromonas caviae... - étude relation avec la physico-chimie (pH, conductivité électrique, turbidité, O2, ORP) - quantification bactéroidales, charge bactérienne et intégrons (classe I, II, III) par PCR quantitative Sites OTHU: Django-Reinhart (Chassieu), BV Yzeron (Ratier, Mercier, Chaudanne), sites satellites (Minerve, Raquin, Feyzin) Autre(s): Garibaldi (Lyon)

Expérimentation en laboratoire sur deux crustacés sentinelles des eaux de surface (Gammarus) et des eaux souterraines (Niphargus) exposés à des eaux provenant de différentes eaux provenant du site de Django-Reinhardt (Chassieu) Mesures réalisées sur les organismes après exposition des organismes : Dosage des réserves en triglycérides, glycogènes et protéines Analyse du métabolome (sucres, acides aminés, ...)

Campagnes de prélèvements d'échantillons afin d'établir une relation entre la turbidité et les valeurs de MES/DCO. Analyses par temps sec et par temps de pluie sur le site de Chassieu

Evaluation de l'effet d'invertébrés (vers tubificidés) sur la dynamique des nutriments dissous, des activités microbiennes et de la composition chimique des sédiments en colonnes expérimentales. Sites: IUT, Minerve, Granges Blanches, Django-Reinhardt, site témoin -Balan- Collecte de sédiments et mise en place de colonnes expérimentales (6 colonnes par sédiment - 3 avec des vers tubificidés et 3 sans vers tubificidés) Mesures réalisées : - Dynamique des nutriments (NO3, NO2, NH4, PO4) et du carbone organique dissous dans l'eau en contact avec les sédiments - Analyse de deux gaz à effet de serre (CO2 et CH4) - Analyse des teneurs en carbone organique, azote et phosphore dans les sédiments - Analyse de la réponse écophysiologique des vers aux différents sédiments (mesures des réserves énergétiques et des indicateurs de stress oxydatif) - Analyses tomographiques (scanner médical) pour évaluer la bioturbation (création de galeries) par les vers tubificidés

Campagnes de suivi des formes de l'azote au cours d'un évènement pluvieux remarquable à l'interface nappe/zone non saturée du bassin d'infiltration de Minerve à Saint Priest. Prélèvements en amont, en aval et dans le bassin d'infiltration: état initial en début de pluie, puis toutes les 12 heures : - Printemps 2013 - Mars 2014 - Septembre 2015

Suivi de l'impact de l'infiltration sur la qualité des eaux souterraines sous le bassin d'infiltration de Django Reinhart Le dispositif expérimental est basé sur un ensemble de piézomètres situés à l'amont hydraulique du bassin d'infiltration (piézomètres SC1 à SC6), à l'aplomb du bassin d'infiltration (piézomètres SC7 à SC11), en position latérale gauche (piézomètres SC12, SC26 et SC27) et droite (piézomètre SC13) du bassin d'infiltration et disposés à l’aval du bassin (piézomètres SC28, SC29 et SC14). Enregistrements continus sur plusieurs piézomètres depuis 2003 (palier horaire): - hauteur d'eau - température - conductivité électrique - oxygène dissous

Suivi de l'impact de l'infiltration sur la qualité des eaux souterraines sous le bassin d'infiltration de l'IUT sur le campus de la Doua Le site dispose de piézomètres à l'aplomb du bassin d'infiltration (piézomètres "aval") et de piézomètres en dehors de l'influence du bassin (piézomètres témoins appelés "amont"). Enregistrement continu sur les piézomètres depuis 2006 (palier horaire) : - hauteur d'eau - température - conductivité électrique - oxygène dissous