Catalogue métadonnées OTHU
Catalogue métadonnées OTHU (OTHU)
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Microbiologie du bassin-versant Ratier de l'Yzeron: analyse qPCR des biofilms se développant sur germcatchers (billes d'argile), campagne 2022
- DESCRIPTION DE LA DONNÉE: Des données ont été produites via la boîte à outils qPCR de l'OTHU permettant d'étudier l'occurrence et l'origine d'espèces bactériennes indicatrices d'une contamination fécale sur le BV Yzeron via l'utilisation de pièges passifs (billes d'argile / germcatchers) favorables au développement de biofilms. Les germcatchers ont été positionnés à l'exutoire du Ratier - FORMAT Tableau excel avec onglets indiquant les unités de mesure et points de prélèvement des germcatchers (billes d'argile) étudiés - CONTEXTE (DANS LE CADRE DE QUEL PROJET? QUI EST LE PROPRIÉTAIRE?...) Les données ont été produites par l'équipe UMR LEM - BPOE dans le cadre des projets OTHU concernant l'analyse de la qualité microbiologique des milieux impactés par les pratiques de gestion des eaux pluviales dont les ruissellements urbains - BUT (A QUOI A-T-ELLE SERVI? QUELLE EXPLOITATION?) Ces données sont utilisées dans le contexte de projets pluridisciplinaires concernant les sources de contaminants impactant les bassins-versants d'usage mixte sur le secteur de la métropole de Lyon. - LIEU exutoire du bassin-versant du Ratier - PÉRIODE positionnement en rivière de germcatchers entre Avril - juin 2022
Accessibles aux membres de l'OTHU et/ou sous convention
producteur: UMR LEM - BPOE; qPCR MST sur ADN de germcatchers; ADN extraits de germcatchers/billes d'argile incubées sur différente période en rivière à l'exutoire du Ratier; données brutes de quantités de copies d'un ADN cible selon unités indiquées dans le tableau xls et normalisation (ratio) sur des cibles de référence (16S rRNA gene ou cible Bacteroidales général)
Campagnes d'analyses de micropolluants (MES, ETM, HAP, PBDE, bisphenol A, pesticides, alkylphénols) sur les eaux de dispositifs de gestion des eaux pluviales centralisé et à la source (noue, tranchée et chaussée à structure réservoir) de 2013 à 2019 (projet INOGEV et Micromegas).
Campagnes d'analyses dans le cadre du projet MicroMegas afin d'évaluer les performances des techniques alternatives vis à vis des micropolluants. Concentrations moyennes évènementielles en phase dissoute et particulaires d’ETM, HAP, PBDE, Bisphénol A, pesticides, alkylphénols, en entrée et sortie du compartiment rétention du bassin Django Reinhardt et en sortie de dispositifs à la source (noue, tranchée, chaussée à structure réservoir). Analyse des efficacités des dispositifs centralisé et à la source par rapport aux dispositifs traditionnels (exutoire de réseau séparatif pluvial et parking imperméable classique. - Thèse de Robin Garnier, Thèse de Christel Sébastian - Données principalement sous fichiers Excel - Sites: Compartiment rétention du bassin Django Reinhardt (Chassieu) et Ecocampus de la Doua (noue, tranchée et parkings)
Données produites dans le cadre du projet MicroMegas et de la thèse de Robin Garnier. Ces données sont produites, traitées et archivées au sein de laboratoire DEEP de l'INSA Lyon
Topographie des réseaux à l'entrée et à la sortie du bassin de rétention de Chassieu, le 04/06/2013
Relevé topographique du réseau d'amené des eaux au bassin de rétention et de la conduite de transfert entre bassin de rétention et bassin d'infiltration sur le site de Chassieu. Le 04/06/2013
Plans produits par la société Artelia et archivés à INSA DEEP
Physico-chimie des précipitations et des eaux de surface sur sous-bassin du Ratier (bassin versant de l'Yzeron), depuis 2017
Données produites dans le cadre du suivi RBV (socle commun de paramètres physico-chimiques). Prélèvements sur 2 pluviomètres sur une base mensuelle (volumes cumulés), ainsi que sur 3 points en cours d'eau (Mercier, Ratier moyen et Ratier aval) sur une base mensuelle (prélèvement ponctuels à la main). Analyse des isotopes naturels de l'eau, ions majeurs, métaux, et ponctuellement de quelques micropolluants organiques.
Donnée produite par le Cemagref / Irstea / INRAE.
Suivi de la dynamique des communautés microbiennes lors d'un évènement pluvieux sur deux sites d'infiltration (Django-Reinhardt et l'IUT) depuis 2019
Incubation de supports artificiels (billes d'argile) pour échantillonner les microorganismes dans la nappe sur 2 sites en amont et aval de bassins d'infiltration (Django-Reinhardt et l'IUT) Campagne de collectes d'eau et de substrats artificiels (billes d'argile) lors de l'incubation (7 temps pour les eaux et 5 temps pour les supports artificiels) Mesures réalisées: - Dynamique des nutriments (NO3, NH4, PO4) du carbone organique dissous total et biodégradable - Dynamique structurelle des communautés bactériennes : analyses de métabarcoding 16S - Dynamique fonctionnelle des communautés microbiennes : activités microbiennes (hydrolytique FDA et respiratoire INT)
INFORMATION SUR LA PRODUCTION ET TRAITEMENT DE LA DONNÉE (producteur, outil, matériel, méthode... de la production au traitement)
Qualité microbiologique – analyse comparative des dangers sanitaires associés aux sédiments urbains, ruissellements et eaux de surfaces des sites Django-R et BV Yzeron: tests rapides sur épithéliums pulmonaires d’évaluation du taux d’infectiosité des 2 matrices (2024)
- DESCRIPTION DÉTAILLÉE : données d'évaluation de l'infectiosité des communautés bactériennes issues d'eaux de surface du BV Yzeron et Django-R et de sédiments urbains issus de la métropole de Lyon sur des cellules d'épithéliums pulmonaires (suivie du cell index/intégrité cellulaire, données de cytométrie et microscopie). Les eaux de surface et les sédiments ont été analysés en terme de paramètres physicochimiques. Des données sur la qualité microbiologique des eaux de surface ont également été produites par qPCR et courbe de croissance/d'amplification des communautés bactériennes. - FORMAT : tableaux excel avec onglets donnant accès aux différents jeux de données ( ADN, physico-chimie, suivie du Cell index/,intégrité cellulaire, données de cytométrie, imagerie) - CONTEXTE : Continuation du développement de tests rapides sur épithéliums pulmonaires développés en 2022, 2023 afin de caractériser le degré d'infectiosité des bactéries d'eaux de surfaces et maintenant de sédiments. Ce test a été développé et appliqué aux eaux de surface BV Yzeron, de Django R et aux sédiments urbains issus de la métropole de Lyon et permet de faire le lien entre le degré de pollution chimique et l'infectiosité des communautés des milieux. Ces données sont la propriété de l'OTHU et de l'équipe BPOE de l'UMR Ecologie Microbienne, et sont sous embargo jusqu'à publication dans une revue scientifique ou pendant une période de 5 ans - LIEUX : bassin-versant de l'Yzeron, Django-R, Métropole de Lyon (69, France) - PÉRIODE : Juin et Novembre 2024
producteur: UMR LEM - BPOE; qPCR sur ADN de bactéries issues d'eau de surface ou de sédiments. Données de Cell index de cellules d'épithéliums pulmonaires exposées à des communautés microbiennes issues d'eaux de surface ou de sédiments. Données de comptage de cellules et de bactéries en cytomètrie en flux, marqués ou non. Données brutes de quantités de copies d'un ADN cible selon unités indiquées dans le tableau xls et normalisation (ratio) sur des cibles de référence (16S rRNA gene)
Suivi des formes de l'azote sur le site de Minerve à Saint Priest (2013, 2014 et 2015)
Campagnes de suivi des formes de l'azote au cours d'un évènement pluvieux remarquable à l'interface nappe/zone non saturée du bassin d'infiltration de Minerve à Saint Priest. Prélèvements en amont, en aval et dans le bassin d'infiltration: état initial en début de pluie, puis toutes les 12 heures : - Printemps 2013 - Mars 2014 - Septembre 2015
INFORMATION SUR LA PRODUCTION ET TRAITEMENT DE LA DONNEE (producteur, outil, matériel, méthode... de la production au traitement)
Qualité microbiologique : évaluations de la qualité microbiologique et physicochimiques de sédiments urbains de Django-R et Garibaldi par qPCR, spectroscopie à dispersion et microscopie électronique à balayage (2023/2024)
- DESCRIPTION DÉTAILLÉE : Données physicochimiques sur des sédiments urbains (pH, poids sec, ions, éléments traces métallique, N, P, Hydrocarbure aromatique polycyclique) échantillonnés sur 9 zones de la métropole de Lyon (avec 3 typologies) pendant 3 saisons. Ces données sont associées à d'autres concernant la qualité microbiologique de ces sédiments via qPCR des ADN avec les marqueurs de la trousse OTHU. Ces données sont complétées par des images produites par microscopie électronique à balayage des microorganismes présents. - FORMAT : tableaux excel avec onglets donnant accès aux différents jeux de données (paramètres généraux, pH, Chimie, ADN, quantification qPCR) - CONTEXTE : L'étude des sédiments urbains en terme microbiologique et physicochimiques permets de faire le lien entre chimie et présence de microorganismes, et en particulier de pathogènes. Ces données sont associés à des images de microscopie électronique à balayage pour visualiser la diversité des formes microbiennes et les rendre accessibles au publique. Les données ont été produites par l'équipe UMR LEM - BPOE dans le cadre des projets OTHU concernant l'analyse de la qualité microbiologique des sédiments urbains remobilisés par temps de pluie au niveau de la métropole. Ces données sont la propriété de l'OTHU et de l'équipe BPOE de l'UMR Ecologie Microbienne, et sont sous embargo jusqu'à publication dans une revue scientifique ou pendant une période de 5 ans - LIEU : métropole de Lyon - PÉRIODE : novembre 2023 à juin 2024
producteur: UMR LEM - BPOE; qPCR sur ADN issus de sédiments. Données brutes de quantités de copies d'un ADN cible selon unités indiquées dans le tableau xls et normalisation (ratio) si besoin sur des cibles de référence (16S rRNA gene) Données de comptage de cellules sur images de microcopie électronique à balayage. Données de quantification des nutriments, des éléments traces métalliques et Hydrocarbure aromatique polycyclique en g ou µg/kg de sédiments obtenus par chromatographie ionique. Proportion relatives d'ions mesuré par spectroscopie à dispersion d'énergie
Développement des biofilms et diversité microbienne sur substrat artificiel (billes d'argiles) dans des piézomètres de bassins d'infiltration (2015-2019)
Campagnes d'incubation de supports artificiels (billes d'argiles) pendant 10 jours dans la nappe de l'est lyonnais par temps humide et temps sec dans les piézomètres en amont et en aval de 6 bassins d'infiltration (Django, IUT, Minerve, Grange Blanche, Chemin de Raquin ou Pesselières et Chemin de Feyzin). Nombre de campagnes : 6 Dates : été 2015, été 2016, automne 2017, printemps 2018, automne 2018, automne 2019 Mesures réalisées : Dosage de la biomasse (protéines) et des activités (FDA et INT) des biofilms microbiens. Analyses physico-chimiques de l'eau: nutriments organiques (DOC et BDOC), nutriments inorganiques (NH4, NO2, NO3 et PO4) et Chlorures (Cl-). Extraction d'ADN et analyse de la diversité microbienne par métabarcoding 16S. Analyses fluorimètriques de la matière organique dissoute pour informations qualitatives sur une campagne.
Données produites, traitées et archivées par l'Université Lyon 1 - LEHNA E3S
Campagnes MES/DCO sur le site de Chassieu (depuis 2003)
Campagnes de prélèvements d'échantillons afin d'établir une relation entre la turbidité et les valeurs de MES/DCO. Analyses par temps sec et par temps de pluie sur le site de Chassieu
Données produites, traitées et archivées par INSA DEEP
Chassieu Rétention/Infiltration - Django Reinhardt
Université Lyon 1 / VetAgro Sup - LEM BPOE